Minh Huệ Đế là con trai thứ hai[7] của Ý Văn thái tử Chu Tiêu (1355 – 1382) với bà phi họ Lã,[7] là đích tôn của Minh Thái Tổ Chu Nguyên Chương. Ông là người hiếu học, tính hiếu thảo[7]. Do cha và anh trai ông là đích trưởng tôn Chu Hùng Anh đã mất trước khi Minh Thái Tổ qua đời nên Minh Thái Tổ lập ông làm người kế vị vào tháng 9 năm 1392. Đến năm 1396, Minh Thái Tổ cho lập Đông cung vương phủ.

Khi còn là hoàng thái tôn, ông từng dâng biểu đề nghị Minh Thái Tổ cho sửa 73 điều của Luật Hồng Vũ vì ông cho rằng các điều này quá nghiêm khắc.[7]

Tháng 5 nhuận năm 1398, Minh Thái Tổ bệnh mất, Chu Doãn Văn lên ngôi, đóng đô ở Nam Kinh, hiệu Minh Huệ Đế. Ông thay đổi chính sách của ông mình, giảm bớt hình phạt nghiêm khắc, tha nhiều tù nhân và áp dụng chính sách triệt phiên nhằm tập trung quyền lực về trung ương.